Nació en Burgos, aunque su familia procedía de Vitoria, y desde niño tuvo intensa formación humanística. Perteneciente a la orden de predicadores, formó su educación en Paris donde estudiaba arte y teología.

De regreso a España en 1523, fue profesor de teología en el colegio de san Gregorio de Valladolid y tres años después obtuvo catedra de esta materia en la universidad de Salamanca. Allí desarrolló se enseñanzas con brillantez y conocimiento pocas veces vistas. Durante las llamadas “relecciones” que resumían el final de curso, su presencia era un acontecimiento.

“En el reducido ámbito de la catedra Prima de Teología, llenos los travesaños sin respaldo que hacen las veces de bancos, apoyando libros o carpetas sobre las piernas para recoger la disertación, o de pie hasta el punto de que es imposible cerrar las pertas, en medio de un silencio sepulcral, los alumnos viven pendientes de la palabra de aquel fraile delgado y moreno…”

Y ¿por qué tanta expectación? Porque fray Francisco habla de las fuentes y, sobre todo, de los límites del poder civil y eclesiástico, en tiempos donde no se conocía más que las monarquías absolutas y cuando el papa estaba en posesión de estados. Sin embargo aunque la autoridad espiritual del papado era absoluta, no así el poder temporal. Este matiz muchas veces comentado y pocas entendida, salía a la discreción de los oyentes.

Estudia desde un punto de vista moral temas económicos, de que el orden natural se basa en la libre circulación de personas, bienes e ideas, respetando la escasez de los bienes y la necesidad de un precio justo, influenciado por la oferta y la demanda (parece que al citar estas palabras estemos con un discurso de hoy mismo, pero eso sucedía en pleno del siglo XVI)

Fue uno de los mejores teóricos de los límites que debe aplicarse al uso de la fuerza para dirimir las diferencias entre pueblos, sancionando el punto hasta donde puede considerarse justa la guerra y lo expone en sus trabajos que aún hoy son dignos de consulta (De iure belli)

Defendió los derechos de los indios, como personas y como dueños de sus tierras y bienes (De indis) siendo aquel trabajo suyo el inicio del Derecho de Gentes. Su influencia fue tan grande que hizo que el emperador Carlos I de España le consultase en la llamada “duda indiana”, un ejemplarizante autocrítica suscitada por los problemas que en el Nuevo Mundo creaban los encomenderos y que nunca se atrevió a imitar otra  nación que tuviese compromisos coloniales. Él fue pionero, abriendo el camino por el que nació la promulgación de las Leyes de Indias.

En su De Potestate civili, puso las bases teóricas del Derecho Internacional del que puede considerársele fundador.

La Iglesia, atacada a menudo por inmovilista y retrógrada, cuando en realidad sirve a la moral y a la dignidad humana, a la defensa del pobre y del indefenso, va emitiendo por la boca de fray Francisco de Vitoria, los puntos fundamentales de su doctrina social.

Introdujo la Summa Theologiae de Santo Tomas de Aquino como texto básico y como Salamanca era por entonces una de las universidades más prestigiosa de España y Europa, el tomismo fue adoptado por otras difundiendo por Europa el realismo aristotelicotomista.

Sus enseñanzas fructificaron en teólogos, juristas y universitarios, bien directamente o por la influencia ejercida entre estos grandes pensadores hasta el punto de que formaron un grupo llegó a conocerse como la “Escuela de Salamanca”. Una lista de nombres gloriosos, Melchor Cano, Domingo de Soto, Francisco Suares, Domingo Bañez…